서울·세종 등 조정대상지역 '일시적 2주택자' 허용기간 3년→2년 단축

9·13 주택대책 관련 세법 시행령 개정안 의결      <2018년10월16일> 

정부는 16일 오전 정부 서울청사에서 국무회의를 열고 이 같은 내용의 소득세법·종부세법·조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다. 이번 시행령 개정은 '9·13 주택시장 안정대책' 후속조치다. 

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먼저 조정대상지역 내 일시적 2주택 중복 보유 허용 기간을 3년에서 2년으로 줄인다. 이에 따라 조정대상지역에서 집을 보유한 사람이 조정대상지역 내 주택을 추가로 매입해 일시적 2주택자가 된 경우 2년 안에 이전 주택을 팔아야 양도세를 면제받을 수 있다.​

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1주택 이상 보유자가 조정대상지역에서 집을 추가로 산 후 임대주택으로 등록해도 새로 산 집을 팔 때 양도세가 중과된다. 2주택자는 일반세율보다 10%포인트, 3주택자는 일반세율보다 20%포인트 높은 세율이 적용된다. 

또 조정대상지역에서 새로 산 집을 임대주택으로 등록했어도 종합부동산세를 부과할 때 합산 과세된다. 현재는 8년 이상 임대주택으로 했다면 해당 주택을 종부세 합산 과세 대상에서 빼준다. 

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양도세를 감면하는 임대주택 요건도 새로 생긴다. 현재는 주택 면적에 따라 양도세를 감면했는데 앞으로는 집값도 따진다. 예컨대 임대주택이 공시가격으로 수도권 6억원 아래고(비수도권은 3억원 이하) 면적 기준을 충족할 때만 양도세를 100% 면제한다.

장기보유특별공제도 강화된다. 현재 실거래가 기준으로 9억원 초과 1주택자에게는 집을 팔 때 보유기간에 따라 최대 80%(10년 이상 보유 시)의 공제율이 적용된다. 하지만 2020년 1월1일부터 양도하는 주택부터 2년 이상 거주한 사람만 현재와 같은 혜택을 준다. 2년 미만 거주자는 최대 공제율을 30%로 낮춘다. 

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한편 이번 세법 시행령 개정안은 2018년 9월14일부터 소급해 적용된다. 다만 고가 1주택자 장기보유특별공제 2년 거주 요건은 2020년 1월1일 양도분부터 적용된다. 정부는 2주택자 신뢰이익 보호를 위해 1년 적용 유예 기간을 둔다고 설명했다.